Στους υπόγειους χώρους του Πατριαρχικού Μεγάρου υφίσταται μεγάλη «κατακόμβη» της Πτολεμαϊκής περιόδου, η χρήση της οποίας ήταν η συλλογή των ομβρίων υδάτων. Ο εξαίρετος αυτός χώρος θα διαμορφωθεί κατάλληλα, σύμφωνα με τις αρχές της συγχρόνου Μουσειολογίας, προκειμένου να αποτελέσει το Πατριαρχικό Σκευοφυλάκειο, όπου θα αποθησαυρισθούν ιστορικά έργα και σημαντικά κειμήλια εκκλησιαστικής τέχνης.