Κατά την πατριαρχία του ο διωγμός των Χριστιανών από τον Χαλίφη της Αιγύπτου Αλ Χακήμ έγινε ακόμη σκληρότερος, ώστε πολλοί εξ αυτών να εξισλαμισθούν ή να καταφύγουν σε άλλες χώρες. Κατά τα έτη αυτά ο Θεόφιλος απουσίαζε στην Κωνσταντινούπολη, μη δυνάμενος να παραμείνει στην Αίγυπτο. Επενέβη στην έριδα μεταξύ του Αυτοκράτορος Βασιλείου του Βουλγαροκτόνου (975-1025 και του Πατριάρχου Κων/λεως Σεργίου Β’ (999-1019) για την εφαρμογή ή μη του νόμου περί «αλληλεγγύης», οδηγώντας σε συμβιβασμό τους εμπλεκομένους. Έκτοτε απεδόθει στον Πάπα Αλεξανδρείας ο τίτλος του «Κριτού της Οικουμένης», με το προνόμιο να φέρει και δεύτερο επιτραχήλιο (Κριτάτο).
