Κατά την πατριαρχία του ανέκυψαν νέες προστριβές με τους Αρχιερείς Σιναίου, οι οποίοι συνέχιζαν να αξιώνουν την τέλεση Ιεροπραξιών στο Σιναϊτικό Μετόχιο του Καΐρου χωρίς την κυριαρχική άδεια του Πατριάρχη Αλεξανδρείας. Απουσιάζοντος μάλιστα του Νικηφόρου στην Μολδοβλαχία επέτυχαν την παροχή σχετικής άδειας από τον Οικουμενικό Πατριάρχη Παρθένιο Α’, ο οποίος όμως αργότερα αναγκάσθηκε να την ανακαλέσει, υπό την διαμαρτυρία του Πατριάρχου Νικηφόρου και την διαμεσολάβηση του Ηγεμόνα της Μολδοβλαχίας Βασιλείου. Εκοιμήθη αιφνιδίως τον Απρίλιο του έτους 1645.